Легендата разказва как богинята на любовта Агата толкова харесала слънчевия полуостров, на който е разположен Ахтопол, че го избрала за свое място за почивка и му дала името Агатополис - Град на любовта.
В исторически план Ахтопол е известен като селище още от времето на траките. Като град Ахтопол е основан около 430 г. пр.н.е. и се предполага, че има връзка с действията на Перикъл в черноморските области. В пределите на Българската държава Агатополис е включен от Хан Крум през 812 г., за което свидетелства колона от това време с името на града като завладяна крепост. На базата на архиелогически находки се счита, че в Агатополис още от античността е съществувала монетарница.
Към края на XIV век Турците завземат града и го преименуват на Ахтенболу, но името не се задържа дълго.
Малко са историческите паметници оцеляли от няколкото опустошителни пожара в Ахтопол. До днес са запазени църквата Възнесение Господне построена през 1796 г., останки от манастира Св. Яни от XII век, части от крепостната стена (на места достигащи 8 м височина и 3,5 м ширина). В близост до полуострова се намират останки от тракийска стена.
След Балканската война, през 1914 г. гръцкото население напуснало Ахтопол и в града се заселили източнотракийски българи-бежанци.
Стоимир Веселинов